موزه عصر آهن شامل 38 گور است . اسکلت هایی مربوط به دوره آهن ، اواخر هزاره دوم و اوايل هزاره اول قبل از ميلاد می باشد. که در سال 1376 طی گود برداری برای ساخت پاساژ ابریشم در قسمت شمال شرقی مسجد کبود در خیابان امام تبریز از دل زمین کشف شد. اسکلت های انسان هایی که اکثرا ثروتمند هستند. ساختار گورها برای نوزادان دفن شده ساده ، برای نوجوانان به صورت سازه های مربعی همراه با دو ظرف سفالی ، برای کودکان دفن شده به همراه اسباب بازی هایشان ، برای زنان دفن شده به همراه جواهرات و زینت آلات و برای مردان به همراه ابزار جنگی آنها می باشد . و اجساد به صورت چنباتمه ای و جنینی دفن شده اند. به راحتی میتوان به تقاوت طبقاتی بین اجساد دقن شده در این موزه از طریق اجسام و ظروف و سفال های دفن شده در داخل قبور پی برد. در کنار بعضی از اجساد ظروف سفالی و باقیمانده غذا وجو دارد که نشان دهنده اعتقادات آنها بر زندگی پس از مرگ می باشد و همچنین قرار دادن اجساد در داخل قبور به طرف خورشید مهرپرست بودن مردمان آن دوره را نشان میدهد. اجسادی که قبل از ظهر دفن شده اند به سمت شرق و اجسادی که بعد از ظهر دفن شده اند به سمت غرب بوده اند. اما صورت آنها بدون توجه به سمت بدن رو به شمال قرار گرفته است. موزه عصر آهن حدود 4000 سال قدمت دارد و از دیدنی ترین موزه های ایران میباشد. این موزه از سال 1386 از طرف سازمان میراث فرهنگی برای بازدید عموم گشوده شد . این موزه 8 متر پایین تر از سطح خیابان است و به دلیل بالا بودن آب های زیرزمینی و مسیرهای رودخانه ای و حفر چاه های ختنگی این محوطه بسیار مرطوب است و برای از بین بردن رطوبت سایت از فن های تهویه استفاده می شود و نیز درهای موزه برای گردش هوا باز نگه داشته می شود. هر چند که اجساد و محل دفن شان در تابوت های شیشه ای نگهداری می شود. این سایت به‌عنوان اولین موزه صحرایی در ایران شروع به فعالیت کرد.